Épisode 4, Covid-19, avril 2020

Enfants et virus

Peut-on empêcher un enfant de faire une bêtise ? Voilà une bonne question à laquelle chaque parent peut répondre aisément. Bien sûr que non, car lorsqu’il fait une bêtise, l’enfant ne fait qu’expérimenter. Il cherche à découvrir le monde qui l’entoure et ainsi à apprendre des choses. Bref, l’enfant est simplement vivant. La notion de bêtise est plus liée à l’éducation et à une certaine manière de voir les choses qu’à une prédisposition innée des enfants. Or, les virus agissent comme des enfants. S’ils font des choses qui peuvent sembler terribles, ce n’est pas par méchanceté intrinsèque. Simplement, ils expérimentent afin de faire évoluer les espèces.

On peut bien sûr ne pas vraiment aimer que l’objet de l’expérimentation en question soit notre corps. Toutefois, est ce que nous demandons aux animaux de laboratoire leur permission lorsque nous testons nos molécules chimiques de synthèse sur leur être physique ? Bien sûr que non, car les scientifiques eux aussi sont des enfant. Comme tous les enfants, ils expérimentent pour voir ce qui va arriver. La différence entre un virus et un enfant, c’est que le virus a une taille voisine de 100 milliardième de mètre, alors que l’enfant a une taille voisine de 1 mètre. Chacun agit donc à son échelle de taille. Ainsi, le terrain de jeu des enfants s trouve dans la maison ou dans le jardin. Parfois même il se trouve en ville. Le terrain de jeu des virus se trouve, lui, dans les cellules. Parfois même dans les organes.

Le scientifique s’amuse

Virus et enfants n’ont toutefois qu’une seule idée en tête. Profiter à fond des ressources de la vie pour évoluer. Pour être toujours mieux adapté à son environnement. Les motivations des scientifiques quand ils expérimentent sont, elles, très différentes. Car le but n’est pas d’évoluer pour s’adapter. Il s’agit plutôt de faire évoluer une entreprise, un pays voire une société en adaptant l’environnement. Ceci dit, si les buts sont différents, le comportement est le même. Faire n’importe quoi du moment que cela marche et que l’on s’amuse. Je sais qu’en disant cela, je vais totalement à contre-courant des médias. Ceux-ci tentent de nous faire croire qu’un scientifique est un être rationnel, froid et calculateur. Que son seul but est d’œuvrer pour le bien-être de l’humanité.

Cela a peut-être été vrai dans un passé lointain, mais sûrement pas de nos jours. Un scientifique s’amuse d’autant plus que les sommes d’argent qui lui sont allouées sont importantes. J’en parle en toute connaissance de cause. Puisque je fais partie de la secte des scientifiques. Je nage dans ce milieu très particulier depuis plus de 40 ans. Toutefois, s’amuser alors qu’un grand nombre de vos collègues eux ne s’amusent pas devient à la longue assez pénible. Il n’y a qu’à voir la longue procession d’experts qui se succèdent à la radio, à la télévision ou sur internet. On voit bien que la plupart d’entre eux ont oublié depuis bien longtemps la jubilation que procure le fait d’être un virus, un enfant ou un scientifique. Car ceux qui vous parlent, chiffres et statistiques à l’appui, ont la tête de l’emploi.

Le cirque

Difficile de voir un sourire franc et honnête se dessiner sur leur visage. Si leurs visages se plissent, c’est plus pour arborer un rictus d’angoisse ou d’indignation. Aucune chance de voir un sourire maternel et malicieux destiné à rassurer une population inquiète et angoissée. Mon parcours universitaire au contact de l’eau m’a donné la chance d’échapper à la dictature de la blouse blanche. Je n’en porte jamais, sauf au laboratoire bien sûr où l’on ne sait jamais ce qui va arriver. Je vais donc continuer à m’amuser. En vous parlant de la manière dont un virus opère pour rentrer par effraction dans une cellule. Ceci nécessite toutefois qu’il ait réussi à échapper aux patrouilles du système immunitaire.

Ceci nous ramène à notre chère piste de cirque. Il s’agit bien d’un lieu destiné à l’amusement et au plaisir que procure l’insouciance. Sa bordure symbolise la membrane cellulaire. Ses sièges symbolisent les glycanes sur lesquels viennent s’asseoir des spectateurs. Ces spectateurs sont l’eau, les virus, les bactéries. Ils s’assoient pour observer les acrobates (protéines-G), les jongleurs (mitochondries), les magiciens (ribosomes), les clowns (vésicules), les dompteurs (kinésines), les accessoiristes (microtubules), les balayeurs (lysosomes), les régisseurs (appareil de Golgi), les enfants de la balle (ARNs de transfert). Tout ce petit monde s’agite sur la piste ou en coulisses pour que le spectacle soit beau, harmonieux et amusant.

Mr Loyal

Chacun sait ce qu’il convient de faire sous la houlette d’un monsieur Loyal (ADN). Ce dernier a l’œil sur tout et règle le tempo de chaque artiste. Assis, au-delà de la bordure, il y a notre virus SARS-CoV-2. Il est confortablement installé sur les glycanes extracellulaires. Il ne rate pas une miette de ce qui se passe sur la piste. Car un virus c’est avant tout un autre « Mr Loyal » en puissance. Lui est toutefois condamné à vagabonder sans piste attitrée. Il n’a qu’une obsession en tête. Profiter du jeu des artistes pour se reproduire à l’infini. Quitte à détruire la piste et le chapiteau sur lequel il a jeté son dévolu.

On ne peut en effet imaginer une piste de cirque avec deux Mr Loyal à la manœuvre. Tant que le virus reste sur les strapontins, les artistes l’ignorent et font comme s’il n’était pas là. Toutefois, chaque virus possède cette capacité de voir que le Mr Loyal en titre est mal en point. Il peut être fatigué chez une personne âgée. Il peut aussi être perturbé par des sonneries parasites en provenance du WiFi ou des téléphones portables. Des toxines peuvent le mettre sous pression. Il en existe de fait toute une clique qui perturbent le spectacle. Enfin Il se peut aussi que Mr Loyal soit, par mutation génétique, carrément devenu fou.

Lorsqu’il constate que quelque chose ne tourne pas rond le virus se décide à quitter son siège pour venir mettre son grain de sel. Voici un lien fourni par Navidi, un lecteur assidu de ces rubriques, qui vous montre le spectacle avec des dessins à l’échelle.

Postes de contrôle

Dans le cas des coronavirus, l’entrée sur la piste se fait par effraction grâce aux protubérances du virus. Ce sont de véritables crampons en forme de clubs de golf. Elles recouvrent la surface du virus et ce dans toutes les directions. Car le Mr Loyal viral est avant tout un maître aguerri dans l’art de crocheter les serrures, même les plus sophistiquées. C’est ici que l’analogie avec la piste de cirque doit être enjolivée afin de comprendre ce qui va se passer. En effet, dans une piste de cirque normale, il n’y a qu’un seul point d’entrée pour les artistes et le personnel. Autrement dit, il n’y a qu’une seule brèche dans la bordure permettant de passer des coulisses à la piste.

Pour une cellule, il n’y a aucune entrée principale. Car, il existe de multiples brèches toutes verrouillées par un sas d’entrée avec contrôle strict de l’identité pour entrer sur la piste. Ces postes de contrôles s’appellent des récepteurs. Seuls ceux qui ont le bon passeport ont le droit de passer la frontière. Les coronavirus, n’ont pas le bon passeport. Heureusement pour eux, ils possèdent les fameuses protéines S. Ces crampons leur permettent de faire bonne figure. Ils autorisent au moins d’engager la discussion, chimique bien sûr, avec certains douaniers. Ceux qui ont été entraînés à reconnaître ces visages familiers.

Le missile

Une fois le contact établi et la communication engagée, la protéine S change de forme. Pendant qu’une partie du crampon discute avec le douanier, une autre partie en profite pour se détacher afin de venir s’insérer, tel un missile, dans la bordure. Car cette bordure n’est pas un solide rigide comme la bordure de la pistée cirque, mais un gel fluide à base d’huile. Le coronavirus, qui appartient à la classe des virus dits « enveloppés », possède lui aussi une bordure fluide de même nature chimique. Cette bordure protège la capside protéique, le costume très reconnaissable du Mr. Loyal qui souhaite entrer par effraction.

Or, que se passe-t-il quand on mélange de l’huile d’olive et de l’huile de tournesol ? Eh bien, même si les deux huiles ne sont pas de la même nature chimique, elles forment néanmoins un mélange homogène. C’est précisément ce qui se passe lorsque le « missile » vient s’insérer dans la couche huileuse de la bordure de la piste. Si ce missile arrive à s’insérer, c’est qu’il dispose d’un domaine dit « lipophile ».

Ce domaine est formé d’une succession d’acides aminés pouvant être au choix : alanine (Ala, A), valine (Val, V), leucine (Leu, L), isoleucine (Ile, I), proline (Pro, P), phénylalanine (Phe, F), tryptophane (Trp, W) et méthionine (Met, M). Car ces acides aminés adorent tout ce qui est gras. C’est d’ailleurs grâce à ces mêmes acides aminés que la bordure peut avoir autant de postes frontières contrôlant le passage entre le milieu intra- et extra-cellulaire.

Endocytose

En effet, ces postes frontières sont comme le fragment de protéine S virale des protéines enchâssées dans le gel huileux qui constitue la bordure. L’insertion du missile dans la bordure provoque bien sûr un certain remous dans cette mer d’huile. Remous qui permettent à l’enveloppe du coronavirus elle aussi huileuse de fusionner avec la bordure. D’où la libération par endocytose du Mr. Loyal viral avec son beau costume rutilant. L’infection vient de réussir. Il y a donc maintenant, sur la même piste, deux Mr Loyal… On verra dans une prochaine chronique ce qui peut alors se passer.

Porteurs sains

Il faut préciser que ce qui déclenche l’entrée du Mr Loyal viral sur la piste, ce n’est pas le collage de la protéine S sur le poste frontière de type ACE2. C’est plutôt la capacité de cette protéine S de se scinder en deux et de larguer son missile sur la bordure. Si, pour une raison X ou Y, ce clivage ne peut avoir lieu, on aura une charge virale détectable par des tests adéquats. Par contre, le virus restera, lui, parfaitement inoffensif. On retrouve ici le fameux « porteur sain ». Celui qui n’a aucun symptôme, mais qui de par sa simple présence peut infecter plusieurs personnes dans son entourage. Ceci s’applique bien sûr à tous les coronavirus. De manière plus générale, cela concerne aussi tous les virus enveloppés disposant d’une protéine de surface devant être clivée pour larguer un missile.

Car il existe d’autres virus, non enveloppés, où ce mécanisme d’infection virale ne s’applique pas. Ces virus sont donc beaucoup plus dangereux. Car ici le Mr Loyal viral défonce carrément le poste frontière à la manière d’un bulldozer pour pénétrer. Par contre, ces virus non enveloppés sont beaucoup plus faciles à détecter pour le système immunitaire que les virus enveloppés « furtifs ». Dans la prochaine chronique, grâce à ce qui vient d’être vu ici, je vous expliquerais la raison d’être des gestes « barrières » préconisés par les autorités. On verra aussi pourquoi l’utilisation d’un masque n’est pas forcément une bonne chose. On en profitera enfin pour discuter de la raison d’être des gels hydro-alcooliques.

Par Marc HENRY